wgcna hub基因

老师好请问怎么从wg一个模块中找hub基因我把cytoScapeinput-edges文件输入cytoscape中用cytohubba计算但是每次出来的结果都不一样试了很多遍也不行求解答谢谢！

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1 个回答

Daitoue 2018-08-06 10:39

借助WGCNA包中的函数chooseTopHubInEachModule()可以获得每个模块中的hubgene

具体可参考代码：

datExpr指在WGCNA分析过程中经过初步分析筛选、剔除异常样品等之后生成的的最终分析表达数据矩阵（行名样品、列名基因），moduleColors为模块划分的结果

HubGenes <- chooseTopHubInEachModule(datExpr,moduleColors)
write.table (HubGenes,file = "HubGenes_of_each_module.xls",quote=F,sep='\t')