的gff文件是这样的:
我是否应该先去除 “.v2.2“ 利用sed -i 's#.v2.2##' xxxx.gff3 指令
然后去除之后 是这样的 gff文件
之后利用脚本perl script/mRNAid_to_geneid.pl 获取 基因与mRNA的对应关系:脚本信息如下(是否应该修改?)
获取的基因与mRNA的对应关系的mRNA2geneID.txt,是这样的,不对好像
看你最初的GFF文件应该没有文件,是直接可以用脚本得到对应关系的,你不需要删除v2.2
如果非要删除v2.2建议使用这个命令: sed -i 's#\.v2.2##g' xxxx.gff3
更多命令可参考:linux系统使用
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