gff文件中Name后面的名称就是基因名称，你的截图不完整。

python -m jcvi.formats.fasta format --sep="/"  XX_cds.fa.gz xx.cds

不太清楚你实际取用的ID是什么，但是gff文件中是会提供geneID和转录本ID之间的对应关系的，而每个CDS也是有所属的parent mRNA的 这个是能够对应上的

看看你的cds序列中的ID是否在gff中能搜索到？如果能搜索到，你需要编写脚本把对应的ID关系批量的提取出来；

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如果自己没有编程基础，无法处理，建议不要在NCBI上下载参考基因组，其他enseml 或者JGI等数据库下载参考基因组；