如果确定pfam号没错，看看输入的序列文件吧，是所有的蛋白序列还是部分序列，还有分析的时候输入命令的相关参数，试着看看能不能调整，如果真的全都没有考虑基于其他方法进行鉴定吧，譬如利用拟南芥或者其他物种的BHLH蛋白序列作为种子序列进行blast比对，找到你物种里面相似序列这种方法进行吧
