您好 双通芯片,应该怎么寻找差异基因。如果想单独看癌或者癌旁的表达量,是需要访问原始数据吗?
双通道芯片本身就是在设计的时候设置对照和处理,直接基于比值判断差异,一般不单独利用其中的每组数据进行分析,如果实在需要芯片中两组数据,可以用limma包转换一下,获得标准化的数据。
GEO芯片数据标准化