无参转录组的组装的unigene数量比基因组测序出来的数量多，是因为有很多冗余的片段没有去掉吗？

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1 个回答

生信老顽童 2019-07-12 17:24

这个有多方面的原因，

1. 基因组测序，由于有大片段文库，能知道序列间的相互位置，预测的基因结构会准确好多

2. 无参转录组denovo 组装的话，就不行，一个基因，两个不同的转录本，如果差别比较大的话，组装软件就没办法认为是一个基因，而认为是两个

3. 同时，无参转录组denovo 组装的话，如果遇到重复序列，是无法组装完成，一个基因也就变成多个了

4. 当然还有一些，测序错误，杂合度较高等一系列的问题，可能导致组装的基因比较多