5 二代测序数据的质控标准是什么？
最佳答案 2018-07-22 15:00
答：为保证后续分析的准确性，诺禾致源会严格把控clean data的筛选标准，具体标准如下：
(1) 去除带接头(adapter)的paired reads；
(2) 当单端测序read中含有的N的含量超过该条read长度比例的10%时，需要去除此对paired reads；
(3) 当单端测序read中含有的低质量（Q ≤ 5）碱基数超过该条read长度比例的 50% 时，需要去除此对paired reads。
| adapter：接头，用于上机测序。建库时引入的接头序列与测序芯片（flow cell）上固定的接头相互识别。 |
| index：测序的标签，用于测定混合样本，通过每个样本添加的不同标签进行数据区分，鉴别测序样品。 |
| Q20,Q30：Phred 数值大于20、30的碱基占总体碱基的百分比，其中Phred=-10log10(e),e为错误率。 |
| raw data/raw reads：测序下机的原始数据。 |
clean data/clean reads：对原始数据进行过滤后，剔除了低质量数据的剩余数据。后续分析均基于clean data。 二代测序原理及fastq数据详细讲解《illumina测序原理及fastq数据讲解》 |
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