请问老师。我要鉴定某个物种的胰凝乳蛋白酶。在PFAM上找到一个PF03761,来源于PFAM-B ,是胰凝乳蛋白酶的某一个家族(Chymotrypsin family Peptidase-S1),请问我利用这个pFAM号能够较全的鉴定出该物种的胰凝乳蛋白酶么? 可信度高吗?
当然可以的,用这个号到pfam上下载对应的隐马尔科夫模型,用hmmsearch对该物种所有的基因的蛋白序列进行搜索,就可以得到该物种的所有具有这个结构域的基因;
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可以用,也可以用Ncbi的blast