计算方法简述如下：
Maa 表示 aa 群体来源于 M 的深度；Paa 表示 aa 群体来源于父本的深度；
Mab 表示 ab 群体来源于 M 的深度；Pab 表示 ab 群体来源于父本的深度；
SNP-index(ab)=Mab/(Pab+Mab)；SNP-index(aa)=Maa/(Paa+Maa)。
Δ(SNP-index)=SNP-index(aa)-SNP-index(ab)。
通过在基因组上选择一定大小的窗口，如100Kb，通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算，得到两个极端混池Δ(SNP_index)的值，通过对在同一条染色体上的SNP标记的Δ(SNP_index)进行LOESS回归拟合，获得关联的阈值，选择阈值以上的区域作为与性状相关的关联区域。得到关联区域以后，通过注释信息找到备选的突变基因。