我想通过转录组学对耐寒和不耐寒2个作物品种进行研究，在正常状态下，2个品种生长没差异，经过冷处理后表现明显不同。从有效性和成本来考虑，取处理前后2个点（即4个组）做全转录组分析是否可行？另外，关于生物学重复，3个单独生物学重复肯定最好，如果事先混合为一个样品是否有效？
1、处理节点的选择 取样的两个点虽然是一前一后，但是具体的时间点最好通过预实验确定， 设置不同的时间点取样，特别是处理后，选择处理后的一个具体时间点 的理由最好能在文章中说明 并附上照片证明（举例：处理0点 1h 2h 3h 4h ....哪一个时间点出现的变化明显并且具备明显的生物学讨论意义，给出各阶段的照片或者生理生化指标说明这个问题）
2、标准实验操作不建议混样 目前转录组文章对混样测序会比较排斥
