5 串联重复基因定义

老师,你好

我在分析基因家族中串联重复基因的时候发现我对串联重复基因的定义有点疑问

attachments-2019-08-gZvXlrm05d4a827ed309f.jpg但是我在视频中看到的筛选串联重复基因和计算kaks时看到

attachments-2019-08-dDHZ8Yq15d4a82e90ded5.jpg我也看了相关的文献应该是有具体的位置距离限制,但是我在想后面这个图是不是我理解有偏差???因为后面这个图是从我们组学家族分析的视频里看的,我用后面这个图的筛选方式找到的基因对基本都不在同一条 染色体上,用前一张图的定义方式,从tandem文件里利用get_tandem_gene.pl 并未找到串联基因对

想请问老师哪种方式是正确的?

如果使用第一张图的筛选方式未筛到基因对,是否需要把所有基因自己手动从tandem文件再筛选一次??但是基因有些多还有必要再筛一次么?

谢谢老师

请先 登录 后评论

最佳答案 2019-08-10 08:27

定义可以看这个:https://www.omicsclass.com/question/1

脚本筛选的是相似的基因,位置自己需要根据基因在染色体的位置自行再筛选一下;

请先 登录 后评论

其它 1 个回答

余生

老师,还有一个问题kaks计算的是相似基因对,还是只对串联重复基因对进行计算呢???

请先 登录 后评论