课程里TCGA数据下载代码问题

attachments-2018-08-dN1a5lTN5b72643db7b96.jpg请问老师TCGA头颈肿瘤在GDC网页上看有528个样本  但在按照课程的r代码怎么有546个  而且肿瘤和正常的加起来好像还少了两个 这是怎么回事

第二个问题,我按照给的代码运行,运行到这步报错了,不知道该怎么解决,希望老师能帮看看attachments-2018-08-2JOEADvE5b726457bb5b6.jpg

请先 登录 后评论

3 个回答

microRNA

这里面是好几个问题,我分别来回来一下:

1. GDC与TCGAbiolinks数据数量不一致: 暂时不回答,等查清楚了来回答

2. TCGAbiolinks 下载样本中癌旁和癌症样本数量少了2个: 说明这两个样本既不是癌症也不是癌旁,可能是其他类型的样本。TCGA中样品分类可以参考:https://www.omicsclass.com/question/48 文章

3. 数据下载失败:我这边测试了一下,没有问题,建议你检查一下代码,更换一个目录,重新下载数据。

    


请先 登录 后评论
张晓奇

第二个问题已解决,换个网络就行。

请先 登录 后评论
Mr.Huang

请问老师第一个问题解决了吗?最近也遇到了同样的问题

请先 登录 后评论