请问老师TCGA头颈肿瘤在GDC网页上看有528个样本 但在按照课程的r代码怎么有546个 而且肿瘤和正常的加起来好像还少了两个 这是怎么回事
第二个问题,我按照给的代码运行,运行到这步报错了,不知道该怎么解决,希望老师能帮看看
这里面是好几个问题,我分别来回来一下:
1. GDC与TCGAbiolinks数据数量不一致: 暂时不回答,等查清楚了来回答
2. TCGAbiolinks 下载样本中癌旁和癌症样本数量少了2个: 说明这两个样本既不是癌症也不是癌旁,可能是其他类型的样本。TCGA中样品分类可以参考:https://www.omicsclass.com/question/48 文章
3. 数据下载失败:我这边测试了一下,没有问题,建议你检查一下代码,更换一个目录,重新下载数据。
第二个问题已解决,换个网络就行。
请问老师第一个问题解决了吗?最近也遇到了同样的问题