基因外显子结构分析

获得gene_exon_info.gff文件如下图attachments-2019-08-VbbbXk635d4ec3b8d9cf0.jpg

但GSDS分析时出现错误,如下图,line1怎么不符合格式?怎么修改?谢谢!

attachments-2019-08-keRx4JOL5d4ec403de897.jpg根据老师的建议删除行末尾的;并改为UTF-8格式,仍然没有解决问题

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

我看文件格式没问题,以下方法你可以试试;

行尾的;去掉试一下

还有记得editplus设置一下UTF-8,https://www.omicsclass.com/article/395


根据您的建议删除行尾的;,并设置了UTF-8格式,仍然出现上述错误,还可能是什么原因?

omicsgene 回复 lotus

错误 是一样的吗? 少弄几个基因试试,排查是不是某些基因有问题;再看看官方例子对比一下

出现错误仍然是说“Line 1 is not in the correct GFF format” line1 指的是contig吗?也测试了少数基因,还是不行呢

你的 mRNA行Parent信息怎么和ID一样呢?你检查一下;

我修改了正负链的表达方式,从1,0 修改为+,-,问题解决了

omicsgene 回复 lotus

嗯,奇怪了,怎么是01.解决就好了;

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