获得gene_exon_info.gff文件如下图
但GSDS分析时出现错误,如下图,line1怎么不符合格式?怎么修改?谢谢!
根据老师的建议删除行末尾的;并改为UTF-8格式,仍然没有解决问题
微信里点“发现”,扫一下
二维码便可将本文分享至朋友圈。
我看文件格式没问题,以下方法你可以试试;
行尾的;去掉试一下
还有记得editplus设置一下UTF-8,https://www.omicsclass.com/article/395
根据您的建议删除行尾的;,并设置了UTF-8格式,仍然出现上述错误,还可能是什么原因?
错误 是一样的吗? 少弄几个基因试试,排查是不是某些基因有问题;再看看官方例子对比一下
出现错误仍然是说“Line 1 is not in the correct GFF format” line1 指的是contig吗?也测试了少数基因,还是不行呢
你的 mRNA行Parent信息怎么和ID一样呢?你检查一下;
我修改了正负链的表达方式,从1,0 修改为+,-,问题解决了
嗯,奇怪了,怎么是01.解决就好了;
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根据您的建议删除行尾的;,并设置了UTF-8格式,仍然出现上述错误,还可能是什么原因?
错误 是一样的吗? 少弄几个基因试试,排查是不是某些基因有问题;再看看官方例子对比一下
出现错误仍然是说“Line 1 is not in the correct GFF format” line1 指的是contig吗?也测试了少数基因,还是不行呢
你的 mRNA行Parent信息怎么和ID一样呢?你检查一下;
我修改了正负链的表达方式,从1,0 修改为+,-,问题解决了
嗯,奇怪了,怎么是01.解决就好了;