5 重测序时比对率（mapping rate）较低的原因可能有哪些？
最佳答案 2018-07-22 07:00
答：重测序一般采用BWA软件进行序列比对，采用mem算法的默认参数进行比对， 比对率低的主要原因可能是参考基因组组装不好，或者所测材料与使用的参考基因组差异比较大，或者有污染所致。
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答：重测序一般采用BWA软件进行序列比对，采用mem算法的默认参数进行比对， 比对率低的主要原因可能是参考基因组组装不好，或者所测材料与使用的参考基因组差异比较大，或者有污染所致。
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请问一下怎么查看 的这个比对率吖？samtools？
可以用samtools flagstat 方法查看比对结果；