基因家族用hmmer筛选时e值用0.01还是0.001比较好，而且我的pfam号有好多个？是要全部都搜索吗？
第一个问题：基于你搜索结果选定更好，0.001更准确，但是如果你获得的结果数量较少，在一定合理范围内可以做调整
第二个问题：基于你的分析目标序列特征决定，如果基因家族序列必须包含多个domain 则必须全部搜索取交集，如果仅要求包含其中一个，全部搜索取并集 诸如此类
这个不同基因家族可能不太一样，你最好找一篇相同基因家族的文献，按照文献里的方法做。
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