-bash: SNP/S126-R132.HaplotypeCaller.log: No such file or directory

3 -bash: SNP/S126-R132.HaplotypeCaller.log: No such file or directory

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运行

nohup ./gatk --java-options "-Xmx4G -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeCaller -R /home/qianyuyuan/HAU/HAU.fa -I /home/qianyuyuan/mapping/S126-R132.MarkDup.bam -O /home/qianyuyuan/SNP/S126-R132.gvcf --emit-ref-confidence GVCF -stand-call-conf 30 >SNP/S126-R132.HaplotypeCaller.log&

产生错误：-bash: SNP/S126-R132.HaplotypeCaller.log: No such file or directory

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2019-09-04 09:21

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

都已经提示了最后的输出目录不对，你检查当前目录下有SNP目录吗？

linux基础不好建议学习：linux系统使用

3 -bash: SNP/S126-R132.HaplotypeCaller.log: No such file or directory

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