SSR批量设计引物 - 组学大讲堂问答社区

SSR批量设计引物

我用misa跑了一个cap3处理过的序列quercus(里面有418contigs)，不是应该出现产生结果文件序列名quercus.fasta.misa（以表格的形式列出微卫星的类型和位点）和quercus.fasta.statistics（统计微卫星的类型和频数），而是出现一堆txt格式的，contig1，contig1等等和quercus.fasta.statistics，没有quercus.fasta.misa。打开一看这些是SSR位点，我该怎么批量设计呢？为什么我的跟课程上出现的不一样呢？

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分类：perl

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3 个回答

omicsgene - 生物信息 2019-09-10 18:08

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

misa不能批量设计引物，他是用来查找序列上的SSR，要用primer3软件才可以批量设计引物；

你出现这么多gff文件，不知道是什么原因，你要你的数据分析过程截图一下，我这才好分析原因；

perl高级编程里面有批量设计引物，你可以学习一下：perl入门到精通、perl语言高级

2011 2019-09-11 10:27

已经报名学习了perl语言高级,用了misa查找了ssr位点，也确实出现了位点信息，不过有100多个这个样的gff格式的位点信息，所以接下来不知道该怎么处理

omicsclass 2019-09-11 11:56

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2011 提出于 2019-09-10 13:58