可以做一部分分析，有参物种（到染色体水平）常规的基因家族分析包含以下十条：
1. 搜索基因家族成员蛋白保守结构域，鉴定基因家族成员；
2. 预测基因家族成员的顺势作用元件；
3. 构建系统进化发育树、根据您提供的分组信息在进化树上进行标示；并和1个其他物种的该基因家族一起做进化树；
4. 基因家族成员MOTIF分析及绘图；
5. 绘制基因结构图绘制基因的染色体位置图；
6. 绘制基因的染色体位置图；
7. MCScanX 共线性分析基因家族加倍分析，串联重复。 绘制基因组内基因家族成员共线性 circos 图；
8. 计算串联重复基因的 KA/KS；
9. 比较基因组分析：和选定的1个其他物种进行基因家族成员同源性分析；
10. 结合转录组数据绘制该基因家族的表达量热图。
无参的，但是有转录组数据的话，鉴定是可以做的（当然可能不全了），另外进化树、motif、和其它物种做个同源性、做个表达量热图分析是可以的，其余条目做不了。作为转录组的一个补充分析还是不错的。