我的物种序列只有NCBI上有公布，在做mRNA和gene的ID对应关系输出的时候出现问题，请问怎么解决？
下面是gff文件的信息：
rna文件信息如下，ID是以XM_开头。
protein文件信息如下，ID是以XP_开头。
对gff文件进行处理时，我用的两条命令是：
#sed –i 's#gene-##' gff文件名
#sed –i 's#rna-##' gff文件名
然后，获取基因与mRNA的对应关系，命令同w.sh文件里的命令，得到的结果如下，出现这种情况怎么办？
基因和转录本还是可以对应上的呀，反而你的蛋白好像不对应 ，不过你的那个怎么是xp_然后显示拟南芥的ID了
这种情况 你需要自己编写程序 根据gff文件的内容把基因的ID于蛋白ID修改一致；
脚本参考：https://www.omicsclass.com/article/566
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您好，我也遇到了这个问题，想请问一下，你的这种问题怎么解决的呢？
