我做有参转录组数据分析，一共有30个样，每个样有3个重复。在做比对这一步时，我发现30个样中，有两个样，它们各有一个重复的比对率只有50％，而其他的样比对率均有80％以上，请问这样会对实验结果有影响吗？ - 组学大讲堂问答社区

我做有参转录组数据分析，一共有30个样，每个样有3个重复。在做比对这一步时，我发现30个样中，有两个样，它们各有一个重复的比对率只有50％，而其他的样比对率均有80％以上，请问这样会对实验结果有影响吗？

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红橙子 2019-09-20 10:59

比对率低一般是由于污染、样品测序质量、样品与参考基因组亲缘关系等原因，你这个样品应该是有问题的，最好先找出问题，然后再考虑是否剔除。

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红橙子提出于 2019-09-20 10:56