5 BSA混池测序中SNP-index的计算方法？
最佳答案 2018-07-22 07:00
答：SNP index的计算是对子代池中SNP的一种统计方法，其原理是利用测序reads对每个碱基位点的碱基进行统计，以某一亲本或参考基因组为参考，统计子代池中和亲本或者参考基因组在某一个碱基位点相同或者不相同的reads条数，计算不相同reads条数占总条数的比例，即为该碱基位点的SNP index。对于有两个子代池数据的项目，我们会过滤掉两个池中SNP-index均小于0.3的点。对于过滤后的SNP index我们会利用滑窗口的方式统计某窗口中所有SNP的SNP-index的平均值作为该窗口的SNP-index，一般默认参数是1Mb的窗口，10kb滑动。按照上述方法分别计算两个子代池的SNP-index，然后在计算两个子代池的SNP-index的差值即为delta SNP-index。
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