circos不能正常生成配置文件

把准备的几个文件都放在circos目录下，几个文件如下

gff文件CM.gff：

list文件CM_WRKY.collinear.pairs：

colline文件CM.collinearity：

生成配置文件的命令如下：

perl ../script/colline_v2.pl -gff CM.gff -list CM_WRKY.collinear.pairs -colline CM.collinearity -od data -name WRKY

生成的data目录里只有WRKY.txt的文件是正常的

align文件只显示第一列

其余三个文件都是空的。

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2 个回答

安生水 2019-10-09 10:02

擅长：perl,基因家族,linux,chip-seq

输入文件格式都没问题，运行的时候有报什么错误吗？

omicsgene - 生物信息 2019-10-09 10:06

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

输入的GFF文件里面的空格你搜索删除一下，可能是不必要的空格导致程序出错：

或者试试新脚本：

脚本下载：colline_v3.pl

使用方法：

#准备circos绘图数据文件，脚本从gff里面获得位置信息并整理数据
perl ../script/colline_v3.pl -gff ../MCScanX/AT.gff -list WRKY.collinear.pairs -colline AT.collinearity -od data -name WRKY

注意：gff文件是用于mcscanX分析的生成的GFF文件。

circos不能正常生成配置文件

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