利用的perl提取基因上游的1500bp（指定位置）序列的脚本信息是：

die "perl $0 <genome.fa> <weizhi.txt> OUT> " unless(@ARGV==3 );
use Math::BigFloat;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
$in = Bio::SeqIO -> new(-file => "$ARGV[0]",
                                  -format => 'Fasta');
$out = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$ARGV[2]",
                                  -format => 'Fasta');
my %keep=() ;
open IN,"$ARGV[0]" or die "$!";
my%ref=();
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
     my($id,$sequence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);
     
         $ref{$id}=$seq;
}
$in->close();
open IN,"$ARGV[1]" or die "$!";
while (<IN>) {
chomp;

next if /^#/;

my @a= split /\t/;
my$seq=$ref{$a[1]};
print "$a[1]";
     if( $a[4]  eq "-" ){
      $str=  $a[3]+1;
  $end=$a[3]+1500;
              my$seq_string=$seq->subseq($str,$end);
              my$newseqobj1=Bio::Seq -> new(-seq => $seq_string,
-id => "$a[0]"
               ) ;
            my$reseq = $newseqobj1 ->revcom();
            $out->write_seq($reseq);      
     }elsif ( $a[4]  eq "+" ){
              $str=  $a[2]-1500;
  $end=$a[2]-1;
               my$seq_string=$seq->subseq($str,$end);
           
               my$newseqobj1=Bio::Seq -> new(-seq => $seq_string,
               -id => "$a[0]"
                   
               ) ;
           
            $out->write_seq($newseqobj1);          
     }
}
close (IN);
$in->close();
$out->close();

基因位置信息的文件：附件中有上传（gen-weizhi.txt），大概格式如下：

SETIT_034190mgIX4350641943510019+

SETIT_033939mgIX4555147145555562-

SETIT_034271mgIX4764394847648195+

SETIT_034139mgIX5103987451043619+

SETIT_038909mgIX5313534653136851+

SETIT_034150mgIX5681321456815920-

SETIT_036000mgIX5682024056821538+

SETIT_034685mgIX5682180656823689-

SETIT_020710mgKQ4753822774129503+

SETIT_040870mgKQ4754091056812140+

SETIT_040869mgKQ4754091315217964-

SETIT_040871mgKQ4754091864819083-

SETIT_020660mgKQ475414631312284+

SETIT_020732mgKQ475459943430+

SETIT_040852mgKQ47558525294040+

SETIT_000243mgV437877440576-

SETIT_000267mgV451906454698-

SETIT_000215mgV34047973408086-

SETIT_003849mgV42018974205644-

SETIT_000229mgV47941404797075+

基因组文件信息为：Setaria_italica.Setaria_italica_v2.0.dna.toplevel.fa网站地址：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-40/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/

格式大概如下：

在linux系统中运行程序提示的错误：如下图