使用hisat2的两个脚本hisat2_extract_splice_sites.py和hisat2_extract_exons.py 提取gtf文件中的可变剪切与外显子时显示为空,我的gtf文件是gff文件转换的,请问是什么原因?是不是gtf文件的问题
GTF有问题,你需要整理一下,缺失gene_id
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请问楼主解决了吗?我的生成的exon文件也是空,报错显示缺少gene-id,gtf文件跟你相似,请问你解决了吗?怎么重新整理gtf文件的呢?