利用perl脚本提取基因上游的1500bp（指定位置）序列时，输出文件总是空文件。尝试过很多办法无法解决

回答问题即可获得 10 经验值，回答被采纳后即可获得 10 金币。

输入文件1-基因组文件如下图:

输入文件2-位置信息文件如下图：注，没有空格并且txt文本是excl文件另存制表符分隔

输出文件以及所敲指令-如下图：指令未显示报错，但是输出文件是空文件

所用代码：

所用数据从jgi网站下载

默认排序时间排序

1 个回答

omicsgene - 生物信息 2018-08-29 09:26

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

通过调试，发现，输入的基因位置文件由于在windows当中用editplus编辑过，因此产生的换行符和linux当中不兼容，导致脚本不识别所以没有结果；

建议不要在windows当中操作修改文件再保存，如果要操作一定要统一编码格式utf-8：具体editplus设置方法如下：