请问一下，多序列比对之后的结果可以直接用于构树，不进行gap删除吗？因为我的序列比较多（几百条），用gblocks提取的保守序列很短，不到10bp，太短了构不了树。
如果序列相似性高，是可以直接构建进化树的。
但是，有时候序列差异到，无法构建进化树，所以需要手动或者借助软件删除一些差异大的区域，保留保守的区域构建进化树。
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