20 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题
部分分析数据及结果.zip我在ensembl上下载了一个基因组，该基因组是用gtf格式进行注释的，用perl脚本无法建立基因与mRNA的对应关系（mRNAid_to_geneid/ geneid_to_mRNAid），分析结果不能显示mRNA ID。
于是我在网站搜索到GFF与GTF格式转换（https://www.omicsclass.com/article/355）的方法，并用该命令进行了格式转换，但发现转换后的gff3文件内容不全，第三列凡是gene的行都没有了，第三列transcript变成了mRNA，该行后面多了个geneID=，其余行很多注释信息都没了。
用这个转换格式后的gff3文件也没法完成基因与mRNA的对应关系分析。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。
于是我尝试将gtf文件中的内容进行了替换，手动改成gff格式，主要修改内容如下：
原名称 | 修改后名称 |
gene_id " | ID= |
gene_version " | version= |
gene_source " | source= |
gene_biotype " | biotype= |
transcript_id " | Parent= |
transcript_version " | transversion= |
transcript_source " | transsource= |
transcript_biotype " | transbiotype= |
transcript | mRNA (第三列的transcript换成mRNA) |
将格式修改后，运行脚本，其结果与用gffread转换格式后分析获得的文件相同，还是无法完成分析。至此，再没其他办法，老师写的perl脚本太深奥，看了半天无从下手。
所以请问，gtf文件是否可以手动修改后使用？我手动修改的无法完成分析，不知道问题出在哪里？如果不能用手动修改，那有什么好的办法可转换成gff？有无针对gtf注释进行分析的脚本？
附件说明：
file1 gtf注释文件（部分）
file2 用gffread命令转换格式后的gff3文件，无gene行
file3 上述格式转换后分析获得的mRNA2geneID文件
file4 手动修改gtf后的文件
最佳答案 2020-01-12 21:37
脚本要求输入gff格式的文件才可以正常运行，不要输入gtf格式的文件，会报错； 请 下载参考基因组里面对应的gff文件再运行此脚本。
另外，gff文件是可以转换成gtf文件，但是gtf文件无法转换成gff文件。
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