组内mcscanx，分析基因与基因连线生成的.collinear.pairs文件里，用detect_collinearity_within_gene_failies.pl脚本帮助找到这两基因之间存在segmental复制，每一对基因可以看做是旁系同源基因吗？同理，组间共线性时用excel在.anchors.new中挑出的两物种间存在共线性关系的基因对，可以看做是直系同源基因吗？可以直接拿这些基因对（直系同源基因、旁系同源基因）去算kaks吗？困惑我很久了请各位老师同学帮忙解答一下？
mcscanx 不能区分旁系同源与直系同源
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好的，谢谢老师。 那在mcscanx分析时，支架上的基因需要删除吗？collinear.pairs文件里有染色体上的基因与支架上的基因对应，这种情况正常吗？需要删除支架基因，只保留染色体基因分析吗？
