这是主要是由于你做转录组的材料和已测基因组的材料亲缘关系较远，有较大差别造成的。既然这个物种有多个参考基因组，可以让公司都给试试，看看哪个比对效率高用哪个。

另外，比对效率一般来说能有70以上就可以了，60也可以使用。太低的话就不行了。

50~80%？？那你这波动够大的啊？

最好是贴个图，我看下每个样品的比对率多少。

如果是50%的话，确实够低的，如果是65%以上的话，其实还好。

另外可以参照下同物种已经发表的文献里，看看他们的比对率是多少，你和他们差不多就可以了，不一定非得达到多高多高。毕竟人家文章都发了，说明map率肯定没有问题。