用mcscanx分析绘图时,生成的circle图片不完整,染色体重合,检查各文件中基因ID对应,也无空格。麻烦有经验的同学老师们帮忙看看,你们有没有类似状况,谢谢大家!
gff文件:
collinearity文件:
family.ctl文件:
基因家族ID信息:运行命令:
最后生成的图:
图上染色体有重合,残缺。
用detect _collinearity_within_gene_failies.pl分析连线时,生成的文件里有结果。
建议用课程里面的circos软件绘制这个图。
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谢谢老师,用circos绘图,解决了