motif绘图时,tbtools图上显示的motif跟meme.txt文件的不一致

搜索10个motif,-minw 6 -maxw 100  生成meme.xml文件放进tbtools里,图上显示几乎每个基因都有motif7、1、8、2,但是检查meme.xml文件和meme.html文件里只有部分基因具有这些motif,遇到这种情况怎么办?有没有遇到过相同问题的同学老师,麻烦指点一下~感谢感谢!

tbtools生成图里几乎每个基因都有motif1(绿色):attachments-2020-02-HUjJJDKK5e4563b502009.png

meme.xml文件里只有这一部分基因含有motif1:attachments-2020-02-QEaRzgrZ5e45641104205.png

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3 个回答

丶昔阳

题主解决了吗   我也遇到这样的问题

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我以为

可能是MEME本身输出.txt文件的问题,不完整。去解析.xml文件貌似才是最完整的。

doi: 10.1371/journal.pcbi.1008991

attachments-2022-07-RDXrZC5j62e40f7f2c0a0.jpg

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每天学习一点点

您好,关于这个问题你可以看一下是不是有些距离相近的motif被合并在一块了,有时候tbtools绘图会有这种情况出现,另外在网页打开html文件的时候要勾选all sequence,和tbtools绘图的结果是一致的。

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