我看了很多文献,都将FPKM值进行log转换,但是有一些人却不建议转换,他们认为这会降低的变异度。这个到底如何选择?
本人尝试过进行转换计算,但是对结果的影响并不大,整个模块之间并没有发生明显变化,故可以直接基于fpkm进行,另官方说法是标准化之后的表达量做为输入,FPKM已经是进行标准化的结果,理论上不需要做转换。