AffyBatch 这个变量前面步骤是否正确生成你需要检查一下;
你看一下 这个包的名字是不是 有错误,记得没有教安装这个包
BiocManager::install("hursta2a520709cdf")
我看你的数据,应该是标准化之后的数据,你直接可以用来做差异分析,不必要用原始数据;你可以绘制box分布图确认一下;https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM1536517
> boxplot(AffyBatch,col = cols,xaxt="n") Error in getCdfInfo(object) : Could not obtain CDF environment, problems encountered: Specified environment does not contain HuRSTA-2a520709 Library - package hursta2a520709cdf not installed Bioconductor - hursta2a520709cdf not available > options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") > > if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)){ + install.packages("BiocManager") + }> BiocManager::install("hursta2a520709cdf") Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.1 (2019-07-05) Installing package(s) 'hursta2a520709cdf' Installation path not writeable, unable to update packages: boot, foreign, KernSmooth, lattice, Matrix, mgcv, nlme, nnet, survival Old packages: 'BH', 'bibtex', 'BiocParallel', 'bit', 'blob', 'broom', 'callr', 'caret', 'caTools', 'checkmate', 'chron', 'cli', 'clusterProfiler', 'data.table', 'DBI', 'DelayedArray', 'devtools', 'digest', 'doRNG', 'dplyr', 'DT', 'enrichplot', 'exactRankTests', 'fansi', 'farver', 'foreach', 'GenomicFeatures', 'GetoptLong', 'ggpubr', 'ggraph', 'ggridges', 'gh', 'gplots', 'gridGraphics', 'HDF5Array', 'Hmisc', 'hms', 'IRanges', 'jsonlite', 'knitr', 'latticeExtra', 'limma', 'MASS', 'mime', 'ModelMetrics', 'mvtnorm', 'pillar', 'pkgmaker', 'plyr', 'prettyunits', 'processx', 'ps', 'R.methodsS3', 'R.utils', 'RcppArmadillo', 'RCurl', 'recipes', 'remotes', 'Rhtslib', 'rlang', 'rngtools', 'robust', 'rrcov', 'Rsamtools', 'RSQLite', 'rstudioapi', 'S4Vectors', 'ShortRead', 'SparseM', 'SQUAREM', 'stringi', 'SummarizedExperiment', 'tidyr', 'tidyselect', 'topGO', 'vctrs', 'xfun', 'XML', 'yaml', 'zoo' Update all/some/none? [a/s/n]: n Warning message: package ‘hursta2a520709cdf’ is not available (for R version 3.6.1)
AffyBatch 这个变量前面步骤是否正确生成你需要检查一下;
你看一下 这个包的名字是不是 有错误,记得没有教安装这个包
BiocManager::install("hursta2a520709cdf")
我看你的数据,应该是标准化之后的数据,你直接可以用来做差异分析,不必要用原始数据;你可以绘制box分布图确认一下;https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM1536517
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