WGCNA安装以及运行问题？ - 组学大讲堂问答社区

5 WGCNA安装以及运行问题？

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1.WGCNA安装，安装后警告“package ‘GO.db‘ is not available”。GO.db包未安装成功对后期结果运行有影响么？

2.运行代码“gsg = goodSamplesGenes(datExpr0, verbose = 3)”，显示“Error in gsg = goodSamplesGenes(datExpr0, verbose = 3) :could not find function "goodSamplesGenes”

运行代码“gsg$allOK”,显示“Error : object 'gsg' not found”.

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2018-09-05 10:03

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可以提前单独先安装一下GO.db,见 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/GO.db.html

由于GO.db没有安装成功，所以你的WGCNA包应该是没有加载成功，所以没有这个goodSamplesGenes 方法；

你安装好GO.db之后再安装WGCNA，然后加载WGCNA包后再试一下；

5 WGCNA安装以及运行问题？

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