老师,请教一个问题:转录组自主分析的时候后,分析的是水稻的转录组。
在整个分析的过程中,我是从Ensembl Plants数据中下载的基因组文件(Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa)和基因组注释文件(Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3),然后利用命令:gffread Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3 -T -o Oryza_sativa.gtf将gff文件生成的gtf。然后按照课程步骤进行分析,按照课程一步一步的操作的,用水稻文件替换了拟南芥所给的文件。
在对基因组构建HISAT index的时候出现了问题,使用的命令是:
hisat2-build -p 8 --ss /home/manager/RNAi//data/work/refs/splicesites.tsv --exon /home/manager/RNAi/data/work/refs/exons.tsv /home/manager/RNAi/data/work/refs/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa /home/manager/RNAi/data/work/refs/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel
结果发现报错:zsh: segmentation fault hisat2-build -p 8 --ss /home/manager/RNAi//data/work/refs/splicesites.tsv
报错请见图片:

在这条命令下生成的文件也不全,请见图片:

请教老师,这是出现了什么问题呢?谢谢!