《基因家族分析》get_gene_weizhi.pl和get_gene_gff.pl运行结果为空

老师您好,我目前正在学习《基因家族分析》课程

在预测顺式作用元件这一步:

下载了野蔷薇(Rosa multiflora)的基因组注释gff3文件RMU_r2.0.braker1.gff3

前期鉴定出的蛋白ID(即基因)ID的txt文件RmPMTID_gene.txt

get_gene_weizhi.pl脚本成功运行,但是结果为空,与其相近的get_gene_gff.pl也是如此(见下图)

attachments-2018-09-NoSlJamJ5b8f3933cb391.jpg猜想可能是文件格式或者perl脚本有些参数需要修改,

仔细检查了gff3文件确实为9列,基因ID号也能在gff3相应的“ID= ”后面找到,perl脚本就完全不懂了

attachments-2018-09-wXQcGh4V5b8f3b9a89a1c.jpg

才疏学浅,不知问题症结所在,烦请老师指教~

基因ID:RmPMTID_gene2.txt

野蔷薇RMU_r2.0.braker1.gff3下载地址(太大了传不上来):ftp://ftp.kazusa.or.jp/pub/rosa/

谢谢老师!

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

get_gene_weizhi.pl这个脚本你可以修改一下,参考:https://www.omicsclass.com/article/175

get_gene_gff.pl 脚本代码我忘记了,应该也是类似的修改;

建议学习一下perl语言:生物信息perl语言学习视频课程:《perl入门》《perl高级编程


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