get_gene_weizhi.pl这个脚本你可以修改一下,参考:https://www.omicsclass.com/article/175
get_gene_gff.pl 脚本代码我忘记了,应该也是类似的修改;
老师您好,我目前正在学习《基因家族分析》课程
在预测顺式作用元件这一步:
下载了野蔷薇(Rosa multiflora)的基因组注释gff3文件RMU_r2.0.braker1.gff3,
前期鉴定出的蛋白ID(即基因)ID的txt文件RmPMTID_gene.txt,
get_gene_weizhi.pl脚本成功运行,但是结果为空,与其相近的get_gene_gff.pl也是如此(见下图)
猜想可能是文件格式或者perl脚本有些参数需要修改,
仔细检查了gff3文件确实为9列,基因ID号也能在gff3相应的“ID= ”后面找到,perl脚本就完全不懂了
才疏学浅,不知问题症结所在,烦请老师指教~
基因ID:RmPMTID_gene2.txt
野蔷薇RMU_r2.0.braker1.gff3下载地址(太大了传不上来):ftp://ftp.kazusa.or.jp/pub/rosa/
谢谢老师!