老师,请问一下我这儿有三个HMM文件,我想一次性筛选出同时含有三个结构域的基因家族,不知怎么可以做到呢?

attachments-2020-03-vlyuRtXk5e7064251c8b3.png

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

方法1,分别用hmmer搜索,再取交集.

方法2,把三个文件cat合并在一起,得到all.hmm文件,直接用hmm搜索;但是得到的结果你也是需要筛选的;

最后,没有说一下就得到同时具有三个结构域的方法,都需要前期搜索,后期筛选才能等到。


更多分析见:学习链接:基因家族分析实操课程基因家族文献思路解读

请先 登录 后评论