我看您的clustw比对,序列有很多表示一致的星号,而我的没有星号,是不是有问题。我的隐马可夫文件是一个superfamily里面的,不是直接一个隐马可夫文件。
你检查下数据是否是保守结构域序列吧。
如果都没错,可能你的家族本身就不是很保守,你再多看看文献参考
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我今天看了一下,我那个基因组是个draft genome,虽然,dna,protein,cds,gff3都有,是不是因为草图的关系,有一些gap,我用了WRKY.hmm效果也不好,下面是用拟南芥的wrky.hmm在我的基因组里面做的clustalw结果