用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.tsv文件

老师给的命令

hisat2_extract_splice_sites.py chr22_with_ERCC92.gtf > splicesites.tsv
hisat2_extract_exons.py chr22_with_ERCC92.gtf > exons.tsv
hisat2-build -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv chr22_with_ERCC92.fa chr22_with_ERCC92

请问这样比直接 hisat2-build好在什么地方

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分类：转录组

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2020-04-01 11:59

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

基因组上的基因包含内含子，我们的测序转录组数据是MRNA不包含内含子，所以比对的时候索引有外显子信息，更易于比对；

http://daehwankimlab.github.io/hisat2/manual/

用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.tsv文件

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