老师，请问串联重复基因由cds blast得到，而共线性分析由mcscan比对pep序列得到，请问一下这两个什么区别，为什么共线性分析我的基因家族（180个基因）只有一半染色体有共线性，是不是哪里分析出错了 - 组学大讲堂问答社区

老师，请问串联重复基因由cds blast得到，而共线性分析由mcscan比对pep序列得到，请问一下这两个什么区别，为什么共线性分析我的基因家族（180个基因）只有一半染色体有共线性，是不是哪里分析出错了

mcscan分析蛋白序列得到
circose blast得到串联重复基因

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omicsgene - 生物信息 2020-04-03 12:55

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

串联重复和大片段复制是不一样的，基因家族复制概念要弄清：https://www.omicsclass.com/article/730

mcscanX通过共线性分析查找大片段复制基因和串联重复基因，blast方法只能找到串联重复的基因；

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super曼提出于 2020-04-02 21:00