老师您好，差异甲基化分析中使用CHAMP包时，是如何确定case组和control组啊 - 组学大讲堂问答社区

老师您好，差异甲基化分析中使用CHAMP包时，是如何确定case组和control组啊

group_list=myLoad$pd$Group

myDMP <- champ.DMP(beta = myNorm,pheno=group_list)

这里是怎么确定case组和control组啊，我自己对差异后的探针求和，发现好像反了，也不知道如何调整

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2020-04-20 11:22

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

默认的有顺序，你可以把group_list 创建成有序因子

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小朱大夫提出于 2020-04-18 16:45