老师您好，在GEPIA中，可以进行TCGA和GTEX的对比分析，因为我研究的瘤种中TCGA基本没有正常对照，我想问一下，怎么能将TCGA和GTEX联合分析，需要用什么表达值，如何处理批次效应？

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omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

表达值可以使用 基因的counts值，批次效应可以参考：https://www.omicsclass.com/article/1113

不过都是真对GEO数据的，高通量测序数据不知道是否可行；

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  • 小朱大夫 提出于 2020-04-23 21:21

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