没看到你运行的过程，可能中间：GDCdownload(query) 这个有问题是否报错？
有时候是网络问题，你多运行几遍GDCdownload(query) 这个命令；
50 TCGAbiolinks GDCprepare使用问题 提示找不到文件？
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在用TCGAbiolinks下载结肠癌RNAseq表达数据的时候，Rstudio代码如下：
（Ubuntu 环境 Rstudio-server版本 ）
library(TCGAbiolinks)
query <-GDCquery(project = "TCGA-COAD",
data.category = "Transcriptome Profiling",
data.type = "Gene Expression Quantification",
workflow.type = "HTSeq - Counts")
GDCdownload(query)
data <- GDCprepare(query)
下载成功了，自动生成了GDCdata文件夹，但它里面是空的，下载下来的tar.gz文件在当前目录文件夹，有如下报错：
Error in GDCprepare(query) :
I couldn't find all the files from the query. Please check if the directory parameter is right or ‘GDCdownload’downloaded the samples.
我尝试了改路径，下载到我指定的文件夹（因为GDCprepare是默认的GDCdata文件夹）但每次都下不到里面去，都下到了当前目录，不知道是不是这个原因导致GDCprepare找不到。然后我又把这个tar.gz文件解压到GDCdata里，变成了count文件或者gz文件，运行GDCprepare还是报同样的错，太郁闷了。
求各位前辈老师帮忙看看！！
3 个回答
把data <- GDCprepare(query)命令改成data <- GDCprepare(query, directory = "xxx")就行了，xxx是你下载文件的文件夹，例如默认的project
遇到了一模一样的问题，请问您解决了吗