老师您好,我学习得知TCGA中count数据是需要标准化后才能使用,请问我能否使用edgeR的TMM方法标准化,不进行差异分析,用标准化后的文件进行GSEA以及基因相关性等分析?TMM标准化时是否一定需要设置过滤标准去除表达量很低的基因,把表达为0的基因也留下对标准化计算有什么影响?TMM标准化之后的数据,我是否还能再次Log2转换用于后续其他的分析?
GSEA富集分析,需要差异表达分析的结果才可以分析。基因的相关性分析,可以用TMM分析;
表达为0的基因不影响标准化计算,一般我们不关注表达量很低的基因,一般会过滤一下;
TMM之后取对数后续分析,我不知道你后续要分析啥不好回答;
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感谢老师,明白了