模块最小基因数和剪切高度是不是应该配合使用?力争得到合适的模块数目和模块里合适的基因数目?另外,若所划分的模块没有灰色模块,这样的分析合理么?
我估计你值得剪切高度是针对后面模块合并的时候吧,那样这两个算是配合使用的吧。模块不合并,或者最小基因数太低,可以导致模块产生过多,本来构建模块就是为了缩小范围,找到与性状相关的模块好继续分析吧。还有灰色模块的构建是为了将一部分没有相关性的表达的基因收集起来,这部分就是相当于它既不满足构建最小基因数同时也不满足模块合并的条件,所以没有灰色模块并不代表划分模块有问题的。
个人理解。