gff文件包含gene,cds,exon,mRNA的信息，请问如何获取intron的位置信息。我想知道基因组intron的总长度？

老师，你好，我有个gff文件，但其中只有gene,mRNA,exon，cds的信息，如何获取intron的位置信息，我想写个脚本获取基因组intron的长度，请问老师思路大概是怎么样的？谢谢老师

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Mayomics

https://github.com/irusri/Extract-intron-from-gff3

http://bioinfo.icgeb.res.in/gff/

给小伙伴们推荐两个好工具

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omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

GFF里面有外显子的信息，你看懂了GFF文件，再学习一下perl或者python就可以完成：

生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、实验室linux生信分析平台搭建、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精通

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  • Mayomics 提出于 2020-05-24 20:35

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