老师您好!
学生在视基因表达水平分析的学习中,对RSEM定量中的TPM和FPKM不大懂,特来请教各位老师:
以上图为例,请问老师:
①TPM和FPKM值有些等于0、有些等于1.65,1.74,请问老师代表什么意思,是表达量的意思吗?
②假如等于0,是不是就代表这个基因表达量为0,不是差异表达基因?
③TPM和FPKM值是越高越好吗,还是只需要达到一个范围,就说明这个基因可用于后续差异表达分析
1. TPM和FPKM都是基因表达量的一种标准化方式。代表基因的表达量。
2. 0 只代表单个基因在某个样本中没有表达量。 如果该基因在其他样本中有表达量,并达到显著差异的标准的话,那也有可能是差异基因。
3. 一般我们会对TPM 或者FPKM 进行筛选,比如只有在大部分样本中FPKM大于1的基因,才能做下游的分析。