RNA-seq分析,测序数据比对到基因组上,hisat2 报错

用hisat2将数据比对到基因组上,运行时不报错,生成的sam文件为空,生成的summary文件里有报错。请老师指点,谢谢老师。

命令如下:attachments-2020-06-1ynMtmVA5ed63c0610fce.PNG

生成sam文件为空:

attachments-2020-06-POhTQRhd5ed63c85afb36.PNG生成的summary文件内容:attachments-2020-06-vRvMbE2j5ed63ca952da2.PNG

之前建立索引index文件夹:attachments-2020-06-cTVK3JJb5ed63cf576a2c.PNG

换其它输入命令和输入数据,运行报错,报错内容相同:

attachments-2020-06-QmWAO6Qp5ed63d9d9efde.PNG

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

attachments-2020-06-MJUtCEG75ed702c9cd4c6.png基因组索引没有建立成功,可能是由于内存不够导致:

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