老师您好!
我在做植物中某蛋白酶基因家族研究中,取果实不同发育时期的转录组,看基因表达情况,使用log2处理作图,并在图中标注了原FPKM值。
如图中,自上数第2-5个条带,分别是4个基因,FPKM 都在在0-2的小数值,表现为基本不表达。
请问这种情况,有什么可能原因呢,是由于转录组数据有误、或是基因有误吗?我该怎样检查呢?
请老师指导!
感觉有误可以重新做实验,加大生物学重复,取样要仔细;
或者做qpcr验证一下;
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我看你上面说的已经是3个生物学重复的均值了,那很大概率就是这几个基因在这几个样品里没怎么表达,如果不放心可以做个 Qpcr验证下