> # 设置工作目录（输出目录）
> setwd(work_dir)
> DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",tcga_project))
> FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","methylation",".rda")
> ############################################################
> # 1. 下载TCGA甲基化数据
> ############################################################
> # 查询需要下载的甲基化数据（本次分析只下载肿瘤样本）
> query.met <- GDCquery(project = tcga_project, 
+                       legacy = legacy,
+                       data.category = data_category,
+                       platform = platform,
+                       sample.type = sample_type)
--------------------------------------
o GDCquery: Searching in GDC database
--------------------------------------
Genome of reference: hg38

|tissue.code |shortLetterCode |tissue.definition                                 |
|:-----------|:---------------|:-------------------------------------------------|
|01          |TP              |Primary Tumor                                     |
|02          |TR              |Recurrent Tumor                                   |
|03          |TB              |Primary Blood Derived Cancer - Peripheral Blood   |
|04          |TRBM            |Recurrent Blood Derived Cancer - Bone Marrow      |
|05          |TAP             |Additional - New Primary                          |
|06          |TM              |Metastatic                                        |
|07          |TAM             |Additional Metastatic                             |
|08          |THOC            |Human Tumor Original Cells                        |
|09          |TBM             |Primary Blood Derived Cancer - Bone Marrow        |
|10          |NB              |Blood Derived Normal                              |
|11          |NT              |Solid Tissue Normal                               |
|12          |NBC             |Buccal Cell Normal                                |
|13          |NEBV            |EBV Immortalized Normal                           |
|14          |NBM             |Bone Marrow Normal                                |
|20          |CELLC           |Control Analyte                                   |
|40          |TRB             |Recurrent Blood Derived Cancer - Peripheral Blood |
|50          |CELL            |Cell Lines                                        |
|60          |XP              |Primary Xenograft Tissue                          |
|61          |XCL             |Cell Line Derived Xenograft Tissue                |
Error in checkBarcodeDefinition(sample.type) : 
  Primary solid Tumor was not found. Please select a difinition from the table above